Acredito que cpan
mantém seus arquivos no diretório do usuário que o executou. Então, se fosse root, eles estariam em /root/.cpan
. Você pode simplesmente acabar com esse diretório completamente.
Como alternativa, você pode executar novamente o "assistente" que faz todas as perguntas do CPAN usando este comando:
$ cpan o conf init