Seu padrão é muito complexo. Negar uma expressão regular tende a ter um comportamento exponencial no tamanho da expressão regular, e você tem uma negação dentro de uma negação, o que poderia levar a uma exponencial dupla. Ulp.
No entanto, um congelamento tão longo não é desejável. Eu observo o mesmo comportamento no Debian com o bash 4.2.37 no Debian, então relate isso como um bug no upstream. Mas esteja preparado para ser informado de que seria muito trabalho para muito pouco benefício fazer esse caso funcionar.
Nesse meio tempo, duvido que o padrão realmente faça o que você quer. Há uma maneira muito mais simples de ignorar comandos de palavra única:
HISTIGNORE='+([a-z])'
Ajuste isso se você quiser ignorar até mesmo comandos raros contendo outros caracteres em seu nome ou se você quiser ignorar o espaço em branco. Por exemplo:
HISTIGNORE=$'*([\t ])+([-%+,./0-9\:@A-Z_a-z])*([\t ])'
Observe que você não precisa exportar HISTIGNORE
. Esta é uma variável interna bash, não uma variável de ambiente.