O que você descreveu é o caso de uso da criptografia doméstica. Há muitos dados confidenciais armazenados em outras áreas, portanto, criptografar a página inicial não oferece muita proteção, mas é melhor do que nada.
As desvantagens são óbvias:
- se você esquecer sua senha, nunca terá acesso aos seus dados
- você precisa digitar a senha sempre que fizer login
- se você não tiver uma CPU Intel moderna com a instrução AES, perceberá um grande impacto no desempenho
- recuperar o sistema de arquivos corrompido pode ser mais difícil com a criptografia (duas camadas que podem ser corrompidas em vez de uma)