A página man do polkitd diz:
... Users or administrators should never need to start this daemon as it will be automatically started by dbus-daemon(1) ...
Portanto, o polkitd será reiniciado quando dbus
service for reiniciado. Como esse serviço interage com o gerenciador de área de trabalho, é mais seguro sair da sessão da área de trabalho, parar xdm
service, reiniciar dbus
e iniciar xdm
novamente.