O problema provavelmente estava em um dos hipervisores; poderia ter sido o relógio enviesado por 48s; isso acontece (e não é um problema exclusivo da AWS)
Houve também um bug Xen, não sei se isso se aplica hoje em dia. (o AWS não migrou para o kvm?)
A Amazon está aconselhando as pessoas a instalar o chrony
sincronizado com um dos seus servidores NTP. Dê uma olhada nos documentos da AWS - EC2 - Configurando o tempo para sua instância do Linux
Como em:
sudo yum erase ntp*
sudo yum install chrony
Crie /etc/chrony.conf
com:
server 169.254.169.123 prefer iburst
E por último:
sudo service chronyd start
Uma coisa que também pode ser tentada, por um comentário @jordanm, é parar / iniciar o servidor EC2. Você pode ter sorte e colocá-lo em execução em outro hipervisor sem o relógio distorcido.
Se essas ações ainda não resolverem o problema, eu abriria um ticket com a Amazon.