Em zsh, use fc -AI para salvar seu histórico, não fc -W . Use -A , não -W , caso contrário, o histórico de outras instâncias do shell será sobrescrito. E -I salva apenas as novas entradas do histórico desde o último salvamento.
Dado seu fluxo de trabalho, em vez de salvar manualmente, você provavelmente deve salvar o histórico automaticamente. Ative a opção inc_append_history para salvar cada comando no arquivo de histórico imediatamente antes de ser executado.
Embora seja possível obter o mesmo efeito no bash, o compartilhamento de histórico entre instâncias do bash é mais difícil. Veja Preserve o histórico bash em várias janelas de terminal