Não. A barra no diretório de origem determina se o diretório e seu conteúdo ou apenas seu conteúdo serão copiados. E isso é tudo que importa.
Dado:
a/b
a/c
Então:
$ rsync a/ d/
$ ls d
b
c
Mas:
$ rsync a d/
$ ls d
a
A barra final no destino , por outro lado, não importa.
O fato de seu exemplo já ter um diretório no destino com o mesmo nome do diretório de origem não é realmente importante ... target/foo é sempre destino. Nos exemplos acima, apenas substitua a por ~/foo e d por target/foo e ele funcionará da mesma forma ...
$ rsync ~/foo/ target/foo/
$ ls target/foo
b
c
... e ...
$ rsync ~/foo target/foo
$ ls target/foo
foo