Você pode fazer isso.
GPT e (U) EFI não são conceitos relacionados, embora seja apenas costume que (U) EFIs usem tabelas de partição GPT, ou pelo menos que sejam compatíveis com elas.
O BIOS (normalmente) não pode ver partições, e as tabelas de partição raramente o afetam. O único que a BIOS sabe se tem que ler o primeiro setor do MBR (= o primeiro setor do disco) e depois executar o fragmento de código nele.
Alguns BIOS também fazem verificações adicionais (validações de soma de verificação, a existência do sinalizador de inicialização, limites de partição na tabela de partição), e assim por diante, outros não. No entanto, o GPT é compatível com versões anteriores para o particionamento tradicional, por isso não será um problema.
Mais exatamente, uma tabela de partições GPT não sendo compatível com uma tradicional, é inválida.
O que você precisa fazer é, de alguma forma, "ajudar" seu instalador a criar um layout de GPT (o que pode ser problemático).