com o awk:
$ awk '{for (i=2;i<=NF;i++) print $1,$i}' file
A 1
A 12
A 13
B 3
B 4
B 5
C 6
C 17
C 8
D 19
D 10
D 11
Para delimitar a guia de saída, você pode usar a variável OFS
:
$ awk -v OFS='\t' '{for (i=2;i<=NF;i++) print $1,$i}' file
A 1
A 12
A 13
B 3
B 4
B 5
C 6
C 17
C 8
D 19
D 10
D 11