A página man do hosts.deny ( man hosts.deny ) explica a ordem do processamento:
The access control software consults two files. The search stops at the first match:
- Access will be granted when a (daemon,client) pair matches an entry in the /etc/hosts.allow file.
- Otherwise, access will be denied when a (daemon,client) pair matches an entry in the /etc/hosts.deny file.
- Otherwise, access will be granted.
Então, a partir disso, você pode ver que é seguro excluir /etc/hosts.deny (e /etc/hosts.allow , para esse assunto).
Agora, quanto à sua pergunta sobre a exclusão automática - ou não - de /etc/hosts.deny ao desinstalar denyhosts . Este arquivo - e seu complemento /etc/hosts.allow - pertence a tcp_wrappers , portanto, não é para denyhosts removê-lo quando você o desinstalar.