Você encontrou um bug. Obrigado.
Foi introduzido em paralelo-20160522, e até agora não tinha nenhum teste automatizado para verificar se --nice estava funcionando localmente.
A próxima versão terá testes e --nice funcionando.
A solução alternativa para trabalhos locais é executar parallel com nice :
nice -n 18 parallel bzip2 '<' ::: /dev/zero /dev/zero
O bug afeta apenas as tarefas locais: as tarefas remotas são nice d como você esperaria.