Etckeeper configura um gancho git para confirmar o arquivo contendo informações de metadados sempre que os metadados forem alterados. Isso geralmente é a coisa certa. Se você realmente quiser ignorar o gancho de confirmação, você pode executar git commit --no-verify .
O arquivo de metadados é classificado por nome de arquivo. A ordem de classificação depende do local do ambiente. No seu caso, o arquivo parece ter sido classificado em uma ordem lexicográfica de byte puro (com mail.rc antes de mailcap desde que . é antes de c em ASCII), mas agora você está executando git em uma localidade onde ordenar é feito de uma maneira um pouco humana, com pontuação ignorada exceto como último recurso (provavelmente um código de idioma UTF-8) (com mail.rc após mailname desde que n é antes de r ). Execute LC_ALL=C git commit para fazer a classificação em ordem lexicográfica pura. Seria necessário adicionar export LC_COLLATE=C a /etc/etckeeper/etckeeper.conf para forçar uma ordem de classificação consistente.