Você pode fazer isso com o Ghostscript.
gs \
-sDEVICE=pdfwrite \
-o marked.pdf \
-c "[/CropBox [54 54 1314 810] /PAGES pdfmark" \
-f original.pdf
A caixa de corte deve ser calculada com a resolução do seu PDF, a referência é o canto inferior esquerdo. Veja também este controle de qualidade .