Você pode usar o seguinte script ( encontrado aqui )
#!/bin/bash
pid="$1" # first arguvment is the PID
cwd="$2" # second argument is the target working directory
# now let's command the GNU debugger
gdb -q <<EOF
attach $pid
call (int) chdir("$cwd")
detach
quit
EOF
Chame isso passando o PID como o primeiro parâmetro e o diretório de trabalho de destino como o segundo.
Advertências: Isso pode ter conseqüências inesperadas no processo de destino, incluindo arquivos sendo fechados e informações enganosas fornecidas em prompts de shell, por exemplo.
Você também precisa do gdb
instalado (obviamente).