Sugiro usar a ferramenta tweak para ajustar e gerenciar o espaço de trabalho e o comportamento da janela
Para 16.04 especificamente:
Pacote Ubuntu-tweak-tool link
Como Jacob Vlijin observou nos comentários acima, há uma questão e uma solução relacionadas para salvar e restaurar as posições das janelas aqui:
Salvando e restaurando as posições das janelas
No Xubuntu 17.04, o 'Window Manager Tweaks' é a nova interface.