[...] own URL (such as example.com) that is pointed at it through my registrar.
Não é isso que um registrador (de domínio) faz. Um registrador de domínio apenas age como seu proxy para registrar seu domínio, suas informações de contato e seus servidores DNS delegados no registro de domínio y . Depois disso, cabe aos servidores DNS quais são os nomes sob esse domínio.
Você pode estar usando um provedor de serviços que fornece serviços de registrador e DNS, mas é importante diferenciar as funções.
The thing is, I just don't know what this is used for?
Isso é usado para que você possa diferenciá-los. É por isso que damos nomes às coisas em geral .
Can anyone clarify how the hostname set on the server relates to the URL / domain name I am pointing at it (if it does at all)
Dependendo do seu servidor da Web, o nome do host do sistema pode ser usado como o valor padrão de ServerName
(ou equivalente), ou seja, a própria ideia do servidor de seu nome de host. Essa informação pode ser revelada em coisas como redirecionamentos HTTP gerados automaticamente pelo servidor web.
for what, exactly, the hostname of a server is used
Muitas coisas, na verdade: ele pode estar em prompts de shell padrão (para que você possa ver a máquina à qual está conectado), em arquivos de log, registros de PTR de DNS e assim por diante.