Eu acredito que você está procurando por isso ...
service exim stop
rm -fvr /var/spool/exim/input
service exim restart
No entanto, um método um pouco mais sensato é remover as mensagens por usuário ...
egrep -Rl "(('pwd | cut -d / -f3'|$(grep 'pwd | cut -d / -f3' /etc/userdomains | cut -d : -f1 | tr '\n' '|' | sed 's/|$//g'))|/home/'pwd | cut -d / -f3')|X-Failed-Recipients" /var/spool/exim/input --include='*-H' | awk -F "/" '{gsub("-[A-Z]$","");print$NF}' | xargs exim -Mrm