A resposta simples é que você não pode.
O que o CDPATH faz é que, se você digitar "cd folder", ele primeiro verifica se "folder" existe dentro do seu CDPATH; Caso contrário, ele fará o check-in da pasta em que você está no momento. Mas isso é específico para alterações no diretório; O kwrite não verifica o CDPATH e o AFAIK, não existe uma opção de configuração para fazer com que pareça em qualquer diretório específico.
O que você pode fazer é criar um pequeno script de shell que substitua o kwrite, assim:
#!/bin/sh
FILE=$1
if [ -f "$HOME/symlinks/$FILE" ]
then
kwrite "HOME/symlinks/$FILE"
else
kwrite "$FILE"
fi
Em seguida, execute o script (que você poderia nomear, por exemplo, "akwrite") em vez de executar o kwrite diretamente.