Você pode remover o pacote .deb instalado com:
$ sudo apt remove [packagename] --purge
A desinstalação de um aplicativo não exclui os arquivos em seu espaço pessoal. Desinstalar um aplicativo é um recurso de todo o sistema executado pelo administrador. Quando a TI remove algo, o aplicativo não procura o espaço pessoal de todos os usuários e faz alterações em seus arquivos. Cabe ao usuário fazer as alterações sozinho.
Pela mesma lógica, a instalação de um programa não irá para o espaço pessoal de todos os usuários para instalar arquivos de configuração em seu espaço. Cabe ao usuário interagir com o aplicativo e gerenciar seus arquivos de configuração.
Se você quiser redefinir muitos aplicativos para seus padrões, poderá excluir os arquivos de configuração desse aplicativo em particular e, em seguida, ao executá-lo novamente, ele criará o espaço de configuração necessário.
Se a equipe de TI desinstalasse o Google-Chrome ou o Thunderbird para que ele pudesse instalar uma nova versão, o aplicativo não excluiria as pastas ~/.config/google-chrome
ou .thunderbird
com suas configurações e dados pessoais.