Seu comando:
count=$(mysql -uroot -proot csv_imports -e "select count(user_Id) from test_data where user_Id=\"12345\";")
Provavelmente buscará algo como:
+---------------+
| count(userid) |
+---------------+
| 5 |
+---------------+
Porque essa é a saída padrão de uma consulta mysql .
Para suprimir os nomes de cabeçalho e coluna, você deve incluir as opções -s (silent) e -N (ignorar os nomes das colunas)
Dessa forma, o comando mysql só retorna o 5 (baseado na minha saída), que será armazenado na variável usando:
count=$(mysql -s -N -uroot -proot csv_imports -e "select count(user_Id) from test_data where user_Id=\"12345\";")
Tente escrever o valor da sua variável count em um terminal usando:
echo "$count"
Se ele retornar apenas um 5 (novamente, com base na minha saída), você poderá usá-lo como um valor numérico em expressões e cálculos de teste.