Não, nem todo aplicativo GUI interpreta os argumentos / opções da linha de comando, e muitos têm apenas opções para problemas de configuração ou depuração que são mais bem configurados no processo de inicialização do aplicativo.
No entanto, existem várias ferramentas de teste / automação da GUI (observe a coluna de automação e a compatibilidade com o Linux), que podem gerar sua aplicação.
Para ações simples e, especialmente, para o uso de aplicativos GUI que podem ser acionados por atalhos de teclado, convém consultar xdotool