Que tal dividir seu pacote em dois: uma parte que contém a funcionalidade real e outra parte que está em conflito com os pacotes que você deseja remover. Faça o primeiro pacote recomendar o segundo pacote para que ele seja instalado por padrão, mas se você quiser mais tarde instalar algo com o qual seu pacote está em conflito, você pode optar por remover o segundo pacote. Isso não deve ser um problema, pois a limpeza já ocorreu.