O primeiro valor é o início, o segundo valor, o intervalo em que a função é executada. A diferença de um segundo, apenas garante que nem todas as "invocações" do watch_directory sejam distribuídas ao longo do tempo.
Em vez de segundos (como no seu exemplo), também podem ser valores de hora (HH: MM: SS). O seguinte está agendado para 01:00 a cada 24 horas:
schedule = throttle_1,01:00:00,24:00:00,download_rate=0
schedule = throttle_2,01:00:00,24:00:00,upload_rate=300