A resposta curta é sim, você pode usar lftp .
Mas como parece que você está fazendo backup de um sistema em execução, que incluirá arquivos (log) alterados, você é melhor IMHO de ficar com rsync , que lida com arquivos alterados enviando deltas (compactados), não por fazendo o upload de novos arquivos completos.
Você pode usar um script que execute repetidamente o rsync. O primeiro rsync demorará muito tempo (determinado pela velocidade e tamanho da rede da fonte), o segundo e o subsequente executarão muito menos tempo, pois apenas alterados, as informações adicionadas estão sendo enviadas. Não será provável que lftp seja significativamente mais rápido na primeira "transferência" e mais lento nos seguintes.
Você também pode querer olhar rdiff-backup , que usa o protocolo rsync por baixo, mas também pode preservar deltas para reverter para estados anteriores (ao custo de espaço extra em disco no host de destino).