yum depende do rpm para fazer a transação ... o rpm não é atômico. História ou yum-complete-transaction tentam fazer o melhor que podem, após o fato.
Você também pode usar os recursos de instantâneo do LVM em versões recentes do yum e, em seguida, reverter o dispositivo de bloco inteiro se houver algum problema. Mas você precisa fazer a reversão real usando um ambiente LVM inicializável externo (porque o yum / rpm / glibc pode ser todo lavado até esse ponto).
Se você precisa de garantias atômicas, então você não pode usar diretamente o rpm diretamente (por exemplo, você ostree, 0install, ou em camadas de múltiplos ambientes de inicialização).