Eu tive uma situação semelhante no meu host.
# yum --showduplicates list coreutils-libs
retornou duas versões do mesmo pacote aparentemente instaladas ao mesmo tempo.
Installed Packages
coreutils-libs.x86_64 8.4-37.el6_7.3 @updates
coreutils-libs.x86_64 8.4-43.el6 installed
Available Packages
coreutils-libs.x86_64 8.4-43.el6 base
Quando tentei
# yum remove coreutils-libs
falhou, porque teria que remover outras dependências, incluindo o próprio yum .
No entanto, depois de várias tentativas e erros, consegui corrigir isso. A chave é usar o nome completo do pacote, ou seja, incluindo a versão e o sufixo de lançamento.
O ponto principal é que remover um dos pacotes exigiria remoção física, mas remover o outro dos dois removerá apenas o registro do banco de dados do rpm e, assim, colocará o banco de dados em um estado consistente.
No meu caso eu pude ver que eu também tinha o pacote coreutils-8.4-37.el6_7.3 instalado, então o release -37.el6_7.3 foi provavelmente o correto (isto é, para ser preservado ).
Quando eu falei yum para remover o outro
# yum remove coreutils-libs-8.4-43.el6
tudo foi executado sem nenhum erro e o RPM DB tornou-se consistente novamente.