O Ubuntu inicia um novo agente quando você efetua login e o mata novamente quando você efetua logout.
Portanto, o comportamento descrito está perfeitamente correto.
Eu adicionei minha chave SSH tendo digitado
ssh-add ~/.ssh/id_rsa
e ssh-add -l imprimiram minha chave. Mas depois de sair e entrar novamente, vejo
The agent has no identities.
Eu tentei estabelecer um período de vida muito grande, mas isso não ajudou.
SO: Ubuntu 12.04.2 LTS
O que exatamente você está chamando para sair? Se você sair da sessão em que o ssh-agent estava em execução, o ssh-agent com quem você estava falando era diferente daquele em que você carregou as chaves - o gerenciador de sessão da área de trabalho encerra todos os serviços de usuário em execução (incluindo ssh e agentes gpg) no final de uma sessão.
Você pode criar um agente independentemente de qualquer sessão e depois injetar as variáveis de ambiente corretas no ambiente da sessão - você só precisa descobrir de onde o seu gerenciador de exibição procura o ambiente do usuário.
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