Eu vejo a resposta abaixo de aqui .
A checagem do sistema de arquivos na inicialização é geralmente somente leitura até encontrar um problema, então ele irá avisá-lo antes de fazer qualquer alteração, então é provável que seja uma interseção segura.
Mas é bem possível (e não é incomum que os servidores precisem voltar após a falta de energia) para que ele seja definido como correção automática, portanto, a menos que você tenha certeza de que seu sistema não está configurado dessa maneira deixe-o correr até a conclusão por segurança.
A maioria dos programas fsck são escritos de tal forma que qualquer alteração que seja feita é tão atômica quanto possível e eles serão limpos ( completando ou revertendo qualquer alteração atual ) antes de responder a um sinal TERM ou INT (SIGINT é o que é enviado para o processo ativo quando ctrl + c é pressionado) então mesmo um fsck ativo deve ser seguro para interromper, mas eu não recomendaria correr o risco - melhor prevenir do que desculpe!