Você tem duas opções
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Aplique a substring dentro do awk
$ awk -v filestem="$file--$each" \ '{filename = substr(filestem, 3, 6);print >> filename}'
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Defina
$file--$each
para uma variável e depois para a variável$ filestem="$file--$each" $ awk -v filestem="${filestem:2:5}" \ '{filename = filestem; print >> filename}'