Você pode fazer isso configurando seus teclados separadamente. Por exemplo, uso o layout do inglês dos EUA no teclado do meu laptop e tenho um teclado USB Sun Type 6 com layout alemão e tenho o seguinte no meu /etc/X11/xorg.conf.d/10-evdev.conf
:
# Default configuration for all keyboards not handled explicitly
Section "InputClass"
Identifier "evdev keyboard catchall"
MatchIsKeyboard "on"
MatchDevicePath "/dev/input/event*"
Driver "evdev"
Option "XkbRules" "evdev"
Option "XkbModel" "pc105"
Option "XkbLayout" "us(altgr-intl),de,ru"
Option "XkbOptions" "lv3:menu_switch,caps:hyper,compose:ralt,grp:rctrl_rshift_toggle,terminate:ctrl_alt_bksp"
EndSection
# Match the external keyboard by USB ID
Section "InputClass"
Identifier "Sun Type 6"
MatchIsKeyboard "on"
MatchUSBID "0430:0005"
Driver "evdev"
Option "XkbRules" "evdev"
Option "XkbModel" "sun(type6)"
Option "XkbLayout" "de"
Option "XkbOptions" "caps:hyper,compose:menu,terminalte:ctrl_alt_bksp"
EndSection