Usando o iptables, não é possível dizer para permitir todo o tráfego de um programa específico, mas é possível dizer para permitir o tráfego enviado de um aplicativo em execução de um usuário específico.
Por exemplo.
$ iptables -A OUTPUT -p tcp --dport 992 -d localhost -m owner ! --uid-owner root -j REJECT
Esta regra diz ao kernel para rejeitar pacotes enviados para a porta TCP local 992, a menos que eles sejam enviados por um dos processos do root.