Você não deve impor a criptografia, caso contrário, você não poderá propagar os que não quiserem ou não puderem usar a criptografia.
Mas a maioria das "melhores" configurações de semeadura consiste em saber como o ISP lida com a conexão: configurando o NAT e abrindo portas de firewall, se necessário, evitando portas bittorrent comumente na lista negra, sabendo se o ISP está atarraxando tráfego criptografado de bittorrent e assim por diante.
O wiki do vuze tem uma boa lista de ISPs e suas peculiaridades , um bom lugar para procurar informações no seu ISP , se estiver lá, é claro.
Há também uma postagem no blog com alguns patches para ajustar a mágica que o rtorrent faz por trás das cortinas - embora eu nunca tenha usado estas sugestões, e uma delas nem sequer é recomendada (uma mudança para mentir sobre a taxa de sementeira), os outros parecem interessantes.