Depende do arquivo ou diretório.
Por exemplo, algumas configurações de servidor da Web permitem que os usuários da máquina publiquem arquivos como http://server.name/~username , com os arquivos normalmente vivendo no subdiretório desse usuário. httpd provavelmente precisará de permissões de execução no diretório que contém os arquivos e todos os diretórios acima dele no caminho, devido à maneira como ele processa as URLs. Em outras palavras, se você tiver ~username/public_html definido como 777, mas ~username for 700, o Apache provavelmente não poderá atender os arquivos.
A resposta mais ampla à questão requer que você considere todos os daemons em execução no sistema. Eles normalmente não são executados como root nem como usuário, portanto, eles não têm permissões automaticamente para nenhum arquivo em seu diretório, a menos que sejam explicitamente fornecidos.