Você precisa dizer ao sistema que você tem esse arquivo. Eu não vou te dizer como modificar os arquivos - você vai descobrir isso - mas eu vou te dizer quais arquivos para modificar.
Primeiro, os layouts em si estão em /usr/share/X11/xkb/symbols/
. Você pode copiar o arquivo com uma nova extensão ou modificar um dos arquivos existentes para adicionar sua variante de layout. Por exemplo, se seu layout for baseado no layout alemão, adicione uma seção a /usr/share/X11/xkb/symbols/de
.
Por fim, você precisa modificar /usr/share/X11/xkb/rules/evdev.lst
e /usr/share/X11/xkb/rules/evdev.xml
e adicionar informações sobre sua variante de layout / layout.