Eu resolvi esse problema desinstalando os drivers do AMDGPU-PRO e instalando os deste PPA: link . Eu suponho que os padrões que iniciam com o 16.04 funcionariam também. Aparentemente, os drivers AMDGPU-PRO têm algum problema, pelo menos para mim, com dois monitores.
Uma coisa que eu estou curioso sobre, você tem a configuração de monitor duplo antes de instalar os drivers AMDGPU-PRO ou depois? Eu adicionei meu segundo monitor depois e tive esse problema.