Então, se eu segui-lo corretamente, você tem duas partições (eu vou chamá-las de /dev/sda1 e /dev/sda2 , mas os nomes não importam). A partição /dev/sda1 agora está montada em / e a partição /dev/sda2 agora está montada em /usr/local . Além disso, no sistema de arquivos em /dev/sda2 , os arquivos são aqueles que devem estar abaixo de /usr/local , enquanto outros arquivos que devem estar em /usr estão agora em /dev/sda1 .
Primeiro, você precisa mover todos os arquivos que estão na partição errada. A maneira mais fácil de fazer isso seria inicializar a partir de um live CD ou USB, montar os dois sistemas de arquivos e executar o movimento. Assumindo que os sistemas de arquivos estão montados em /media/sda1 e /media/sda2 :
mv /media/sda2/* /media/sda1/usr/local/
mv /media/sda1/usr/* /media/sda2/
Em seguida, edite /etc/fstab para alterar o ponto de montagem. Ou seja, há atualmente uma linha com algo como
UUID=1234... /usr/local ext4 errors=remount-ro 0 1
Altere a parte /usr/local para /usr . Agora reinicie seu novo sistema.