Geralmente, é melhor usar o usuário menos privilegiado que pode fazer o trabalho. Além disso, é inevitável que você tenha que usar a conta root algum tempo (mesmo usando sudo , que o Ubuntu abraça, ainda conta como usando privilégios de root).
Não há "você não deve usar o root", apenas "você não deve usar root para tarefas normais". Para o desenvolvimento de software, você deve definitivamente criar uma conta de usuário e usá-la para as tarefas diárias. Prepare-se como um sudoer e desative a senha de root, se quiser. Você provavelmente terá que usar o acesso root para configurar seu ambiente de desenvolvimento, então esteja preparado para ir em sudo apt-get install thingy .
Palavras finais, use root quando for necessário, mas não se sinta mal com isso. Na verdade, parece muito bom:)