cut
poderia fazer isso se você pré-processar sua entrada para escapar dos caracteres dentro das aspas (por exemplo, substituir "_" por "_u" e "," por "_c" entre aspas ou substituir todos os caracteres por sua notação hexadecimal de 2 bytes) e pós-processá-lo para restaurar esse escape.
Algo como:
perl -pe 's/"(.*?)"/"\"".unpack("H*", $1)."\""/ge' |
cut -d, -f2 |
perl -pe 's/"(.*?)"/"\"".pack("H*",$1)."\""/ge'
(assumindo que não há citações com escape dentro (ou fora) das aspas).
Mas, dado o esforço que seria necessário, você poderia também usar um analisador csv adequado ou fazer tudo com um mecanismo de expressão regular semelhante a um perl.