Eles são armazenados em ~/.config/dconf/user , o banco de dados do dconf. Você não pode editar esse arquivo diretamente, você precisa usar gsettings (para acesso à linha de comando ou usar em scripts) ou dconf-editor . Os favoritos são armazenados em /org/gnome/shell/favorite-apps ;
gsettings get org.gnome.shell favorite-apps
mostrará o valor atual e gsettings set permitirá que você o altere.