Não, ele criará dois processadores virtuais de 1,6 GHz. (No entanto, quando não estão sob carga, eles terão um clock muito menor, então 800 MHz pode estar correto.)
cat /proc/cpuinfo
para informações sobre eles.
Se eu ativar o Hyper-Threading para o meu netbook que tem um Intel Atom (1.6 GHz), o kernel verá dois processadores virtuais de 800 MHz?
Minha experiência é que, ao habilitar o hyperthreading, você não obtém o dobro do desempenho. Mas você consegue cerca de 1,5 vezes o desempenho, se você pode utilizar os 2 CPUs. Então, para colocá-lo em seu idioma, você obtém 2 CPUs rodando a 1,1 GHz quando 2 CPUs são necessárias e 1 CPU a 1,6 GHz quando apenas uma é necessária.
Em outras palavras: eu ainda tenho que criar uma única situação em que habilitar o hyperthreading irá desacelerar qualquer coisa.