digamos que sua lista de argumentos esteja em um arquivo "thelist" assim:
0001 192.168.100.200
0003 192.168.100.202
0061 192.168.100.205
0061 192.168.100.206
Você poderia:
printf "./PerlScript %s %s\n" $(cat thelist) | bash
Note que se você fizer isso (como no seu exemplo): eles são executados sequencialmente.
mude para
printf "./PerlScript %s %s & \n" $(cat thelist) | bash
para que eles sejam lançados em segundo plano (mas cuidado para não colocar sua máquina de joelhos ...)