Usando comm , pois os arquivos estão classificados:
comm -3 file1 file2 > result.txt
A saída contém as linhas que estão presentes em file1 , mas não file2 , e também as linhas que estão presentes em file2 , mas não file1 , prefixadas com uma tabulação.
Se os arquivos não estiverem classificados, classifique-os primeiro. Assumindo que você está usando bash, ksh ou zsh e não está claro sh :
comm -3 <(sort file1) <(sort file2) > result.txt