Considera-se boa prática instalar programas "locais" que você tenha baixado (e possivelmente compilado) em /usr/local . Os diretórios abaixo de /usr/local devem espelhar os diretórios normalmente, portanto, você tem /usr/local/bin , /usr/local/lib , etc. Muitos aplicativos também verificam a /usr/local hierarquia, portanto, programas e bibliotecas baixados se integram a outros aplicativos.
Eu tenho muitos desses programas, e para facilitar a instalação e desinstalação deles, eu uso um programa chamado stow (geralmente disponível como um pacote) que cria links simbólicos. Portanto, eu tenho um diretório /usr/local/stow , e todos os arquivos instaláveis (digamos, para um pacote eclipse_neon ) entram em /usr/local/stow/eclipse_neon , com bin/ diretórios, conforme apropriado. Então eu posso usar stow para "instalar" e "desinstalar" o pacote na hierarquia /usr/local/ , e apenas faça um rm -rf /usr/local/stow/eclipse_neon se eu quiser me livrar do pacote completamente.
Mas essa é apenas uma maneira de gerenciar /usr/local , existem outras maneiras.
Para entrar no menu do Gnome, você precisa colocar um arquivo da área de trabalho em um local onde o Gnome possa encontrá-lo.