Você pode fazê-lo no Terminal GNOME e em alguns outros (embora não todos) emuladores de terminal usando a sequência de escape do OSC 11 com um nome de cor ou um código #RGB, por exemplo:
echo -ne '\e]11;yellow\a'
ou
echo -ne '\e]11;#abcdef\a'
Da mesma forma, use o número 10 em vez de 11 para a cor de texto padrão.