Geralmente sim, mas depende do que você mudou no sistema.
Do dpkg -S /sbin/init para ver qual é o padrão do seu sistema. Se for systemd-sysv (o padrão para atualização limpa do Jessie), o systemd é o padrão e você pode removê-lo com segurança e o systemd ainda será executado após a reinicialização. Se for sysvinit-core , você precisa instalar o systemd-sysv package se quiser que o systemd permaneça como o sistema init padrão.