Supondo que você esteja executando o daemon no modo daemon, ele cria uma cópia de si mesmo quando é iniciado.
Acho que isso pode ser o que a parte "l" de "Sl" significa na coluna STAT da sua saída de ps.
Eu tenho usado o python-daemon um pouco recentemente e se é isso que seu script está usando, você pode dizer se separa o processo ou não no construtor do seu daemoncontext, apenas diga para não fazer isso e você deveria ser de ouro.
-OU -
não use o daemon start-stop e apenas faça um serviço systemd que utilize o flag detach_process.
-OU -
Faça as duas coisas e informe ao seu processo se deseja ou não destacar o processo.