Eu observei exatamente as mesmas mensagens com os mesmos valores ridiculamente altos de interrupções perdidas sendo registradas o tempo todo.
Para mim, isso foi causado pelo parâmetro do kernel "irqpoll" em combinação com "pci = routeirq" no meu sistema enquanto usava a placa de som PCI em um MB com ponte PCIe para PCI com bugs.
Eu corro o kernel 4.6.2 do teste Debian em MB Asus P8Z68-V PRO GEN3, BIOS 3802, boot UEFI.
Minha placa tem a ponte PCIe para PCI com bugs (AsMedia 1083 rev.01) e eu regularmente observei o Linux congelando completamente durante a audição de música ou assistindo a vídeos em tela cheia.
As falhas ocorreram desde o primeiro dia após a instalação, com placa de som Intel integrada (Intel HDA). Ocorreram também com SB PCI 128 adicional conectado a um dos slots PCI. Com a placa SB PCI, observei todos os tipos de mensagens de log como "Desabilitando IRQ" ou "hpet1 lost interrupts" (com base na combinação real de parâmetros do kernel).
Eu tentei fazer todo tipo de truques com parâmetros do kernel para fazer o SB PCI 128 funcionar, mas o kernel foi interrompido toda vez, então tive que forçar a reinicialização (nem mesmo o SysRq funcionou).
Atualmente, o teste foi iniciado apenas com "irqpoll", usando apenas a placa de som Intel onboard, até agora sem falhas. Existem algumas mensagens sobre os erros "hpet1" no kern.log, mas elas são geradas em freqüência significativamente menor do que quando eu usei o SB PCI.
Eu suspeito que a ponte com bugs ainda está sendo usada por algum outro dispositivo (é por isso que esses erros do hpet1 estão aparecendo, eu acho).