Supondo que seus arquivos tenham nomes sensatos (ou seja, eles não têm novas linhas incorporadas), algo assim deve funcionar:
find . -mtime +60 | fgrep -v -x -f exceptions.txt | xargs -d '\n' rm -f
Substitua rm -f por ls -1 para uma execução a seco primeiro. Coloque os caminhos exatamente como eles são impressos por find in exceptions.txt .