Essas pastas não são criadas / usadas pelo sistema durante a criação do usuário, porque o sistema não as gera. Eles são gerados no pacote xdg-user-dirs-update (Ubuntu) e xdg-user-dirs (Fedora / RHEL).
O arquivo /usr/bin/xdg-user-dirs-update é executado no logon e cria os arquivos com base nos padrões em /etc/xdg/user-dirs.defaults , ou se existir $HOME/.config/user-dirs.dirs .
Se você quiser desabilitá-lo, a configuração está em /etc/xdg/user-dirs.conf ou desinstale o pacote, se as dependências permitirem.
Referência: Quem está criando Documentos / Vídeo / Imagens / etc. no diretório inicial