O Ubuntu não possui ssh-keygen nos scripts de inicialização. O Ubuntu gera chaves usando dpkg-reconfigure triggers. Não é uma ação automática.
dpkg-reconfigure openssh-server
A linha citada refere-se ao Fedora / RHEL / CentOS, que está usando sshd-keygen service. Ele cria chaves antes de executar o serviço sshd e é acionado pela variável AUTOCREATE_SERVER_KEYS em /etc/sysconfig/sshd . Remover algo dos scripts init não é um bom conselho. Mais correto seria definir AUTOCREATE_SERVER_KEYS=no no arquivo acima mencionado.